Поскольку работа ТОПАС основана на естественных механизмах окисления органических веществ, следует избегать попадания в резервуары ТОПАС таких неорганических веществ, как полиэтилен, песок, пластмасса. Эти вещества не перерабатываются системами глубокой биологической очистки, а лишь засоряют их и затрудняют работу станции в дальнейшем. Кроме того, следует избегать использования некоторых химических веществ, например, стиральных порошков, содержащих хлор. Хлор может убить бактерии, содержащиеся в ТОПАС. На данный момент разработано большое количество чистящих средств без хлора, рекомендуем пользоваться ими: это полезно не только для ТОПАС, но и для вашего здоровья.